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相比美国、日本的GMP，欧盟GMP有两条独特的规定：一是企业要设置受权放行人员(QP)，这些人员经政府资格认定，并负有法律责任。他们的职责是对产品质量把关，不但要检查产品是否经检验合格，还要监督产品生产过程是否符合GMP条件。如果放行人员没有履行相应职责，放行了违规产品，政府可能对放行人员依法进行处罚。二是企业需要取得生产许可证才能生产，其生产行为不但要符合GMP的要求，还需遵守生产许可的相关规定。
欧盟药品监管部门除了授权给上游企业监管下游企业和要求生产企业设置受权放行人员，将责任具体落实到企业外，同时还要根据计划，每2~3年周期性地对企业进行例行检查，如果发现有违规的线索或者有举报，也可能进行抽查或者飞行检查。
欧盟GMP认证时主要侧重于企业的质量保证体系、风险控制和硬件设施三个方面。一是对质量保证体系的检查，除了对实验室及相关的主要文件如偏差、变更、产品收回、用户投诉、产品放行、超标管理等进行详细检查外，检查组长还会着重考核QP人员(质量受权人)的资质资历、培训情况、工作情况(如对偏差的处理意见是否妥当、所批准的文件是否合适等)，并由此判断该质量受权人的资质和能力是否可满足欧盟QP人员的要求。
二是注重风险管理，防患于未然。对于原辅料、成品、供应商、偏差、用户投诉等，欧盟要求生产企业每年度必须进行质量回顾及趋势分析，如发现问题，及时进行纠偏，并采取预防措施。对于制水系统、压缩空气系统，除了每年必须进行质量回顾和趋势分析外，还必须制定预警措施，以便及时发现问题。
三是强调硬件到位，目的是为了有效遏止人的随意性。欧盟GMP认为高标准的硬件支持是避免人员违规操作的保证，他们不接受“硬件不足，软件支持”的说法。比如在现场检查时，如果发现过筛间有两个过筛机，检查员就认为操作人员可能在同一个操作间对不同品种进行过筛。对于整个空调控制系统，如洁净区的温湿度控制，检查员认为仅靠生产车间人员定期或不定期进行检查是不够的，必须设置超标时的报警装置，以及对整个系统进行监控的中控系统。
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