系统脱盐率是反渗透系统对盐的整体脱除率，它受到温度、离子种类、回收率、膜种类以及其他各种设计因素的影响，因而不同的反渗透系统的系统脱盐率是不一样的，其计算公式为：
系统脱盐率=[（总的给水含盐量—总的产水含盐量）/总的给水含盐量]*100%
有时出于方便的原因，也可以用下列公式来近似估算系统脱盐率：
系统脱盐率=[（总的给水电导率—总的产水电导率）/总的给水电导率]*100%
以此近似估算得到的系统脱盐率往往低于实际系统脱盐率。